В том же 1993 г. образована православная община и начаты ремонтно-восстановительные работы.
Из храма были убраны станки, перекрытия и их металлоконструкции, перегородки. Территория вокруг расчищена от забетонированной в землю арматуры, укреплён фундамент и стены.
К празднованию 850-летия столицы правительством Москвы были выделены средства на восстановление западного фасада и колокольни. Все остальные реставрационные работы ведутся, в основном, силами прихода и добровольных помощников, на благотворительные пожертвования.
В 1996 году возобновлены регулярные богослужения в правом приделе преп. Феодора Сикеота.
Осенью 1997 года впервые зазвучал перезвон с колокольни храма, на которой установили набор колоколов Каменск-Уральского литья.
На храме, до того обезглавленном, в 2000 году был водружён вызолоченный крест — точная копия исторического креста.
В 2001 г. завершены работы по реставрации верхнего храма в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, и возведён величественный и великолепный иконостас. Здесь и стали совершаться регулярные богослужения.
А в 2005 году были закончены работы по восстановлению главного алтаря храма и возведению Георгиевского иконостаса. И большая часть богослужений теперь совершается именно здесь.
В настоящее время ведутся работы по реставрации южного придела преподобных Нила Столобенского и Феодора Сикеота — укрепление фундамента, оштукатуривание стен, возведение иконостаса, написание икон и т.д.
С ноября 1884 года по март 1893 года в нашем храме в сане диакона служил известный московский старец — святой праведный Алексей Мечёв.
На юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви, состоявшемся в августе 2000 года в числе сонма новомучеников и исповедников Российских канонизирован в лике священномучеников последний настоятель нашего храма протоиерей Владимир Проферансов. Отец Владимир был секретарём Святителя Тихона, Патриарха Московского и всея Руси, и за отказ сотрудничать с НКВД был осуждён, сослан в ссылку в Семипалатинск Казахстанский, затем приговорён тройкой ОГПУ и расстрелян 15 декабря 1937 года на Бутовском полигоне под Москвой, вместе с десятками тысяч других мучеников.
Память священномученика Владимира Лубянского (Проферансова) празднуется в нашем храме 15 декабря. Впервые такая торжественная служба прошла в декабре 2000 года, ко времени которой была написана его икона. Ко дню 70-летия мученического подвига сщмч. Владимира Лубянского был отреставрирован северный придел храма, посвящённый его имени, устроен иконостас и оборудован алтарь. 15 декабря 2007 года состоялась первое праздничное богослужение.